徳島県立みなと高等学園は，近い将来発生するとされている南海トラフ巨大地震において，最大震度７，津波浸水想定域２～４ｍに位置しており，地震発生後の生徒の安全確保は喫緊の課題である。発達障がいの特性を踏まえた上で，生徒が安全で安心して避難できるよう，実践的な避難訓練と振り返り学習を繰り返し取り組んでいる。特に避難訓練は，スモールステップで積み重ねていることを目指し年間に「地震津波想定４回，火災想定２回」の訓練を実施している。地震津波想定訓練は「日にち指定・時間指定や日にち指定・時間未定，１ヶ月間の抜き打ち訓練，３ヶ月間の抜き打ち訓練，火災想定訓練は，日にち指定・時間指定や抜き打ち訓練を実施している。また，Ｊアラートを活用した避難訓練や消火器を使った消火訓練，外部から見えない場所で発煙筒にて煙を出しての実践的な訓練を実施したり，近隣の施設（乳児院・こども園等）と合同で訓練を実施したりしている。